Внутренние располагаются в аквариуме или другой емкости и погружаются в воду. Внешние помпы устанавливаются вне водной среды снаружи. Использовать внутренние помпы вне водной среды нельзя это приведет к их неизбежной поломки из-за прегрева.
Все помпы выполняют функцию насоса: перемешивают и перекачивают воду, создают течение и напор воды. Разнообразные модели водяных насосов широко используются в морских аквариумных системах фильтрации (самп), холодильных установках. Также существует мощные модели помп для подключения оборудования садовых прудов. В прудах также используются фонтанные помпы, которые могут высоко поднимать столб воды над уровнем ее поверхности.
Помпу подбирают исходя из объёма аквариума или пруда, обычно помпа должна перекачивать через себя в час 2-3 объема емкости.